Das Museum Bautzen bietet neben Führungen durch die Dauer- und wechselnden Sonderausstellungen regelmäßig eine Reihe von Veranstaltungen an. Dazu zählen Vorträge und Werkgespräche, Lesungen und Konzerte, Künstlergespräche sowie Projekte und Workshops. Für Kinder werden Ferienprogramme und Kindergeburtstage angeboten.

Das Museum Bautzen ist zudem regelmäßiger Veranstaltungsort für den Altstadtverein Bautzen e.V., die Kreisvolkshochschule Bautzen und den Naturwissenschaftlichen Arbeitskreis Isis budissina. Der Arbeitskreis trifft sich jeden zweiten Sonnabend im Monat zu verschiedensten naturkundlichen Themen im Museum Bautzen.